1999年、FAO（国連食糧農業機構）は、世界のマグロ資源は限界を超えて利用されていると判定し、大型マグロはえ縄漁船を減らすよう勧告しました。また、地域漁業管理機関（RFMO）の非加盟国に船籍を移して、RFMOの保存管理措置を無視して操業するいわゆる便宜置籍漁船（FOC漁船）による違法・無規制・無報告漁業（IUU漁業）も問題となっていました。このため、マグロ資源による恩恵を最も受けてきた日本は率先して132隻を減らすとともに、関係国・地域に働きかけて、FOC漁船とIUU漁業の廃絶に向けて動きました。

当時FOC漁船と呼ばれる大型マグロはえ縄漁船は約250隻存在していましたが、FOC漁船の実質運行者は台湾であり、我が国業界から台湾業界にFOC漁船の廃絶を働きかけた結果、日台業界間でFOC漁船廃絶計画が合意されました。しかし、現実に稼動しているFOC漁船を廃船するためには、当該船主に減船補償金の提供とスクラップに要する費用を補償する必要があり、その必要経費を日台業界が負担することとなりました。このため、スクラップ事業の実務を含め責任あるまぐろ漁業を推進する組織としてOPRTが2000年12月に設立され、OPRTは、スクラップ船の選定、スクラップの実施、スクラップ補償金の支払いと会員からのスクラップ事業負担金の回収等の実務を行うこととなりました。このスクラップ事業により39隻のFOC漁船が廃船となりました。

残りのFOC漁船については、RFMO加盟メンバーへ船籍を移し（正常化）、RFMOの規制に従って操業していくこととなりました。また、OPRTは世界の主要はえ縄漁業国・漁業者に協力を呼びかけ、日本、台湾、韓国、フィリピン、インドネシア、中国の漁業団体がOPRTに加入し、世界の大型マグロはえ縄船の殆どがOPRTに登録されました。また、世界最大の刺身マグロ市場国である日本の貿易業者、流通業者、消費者の団体もOPRTに加入し、目的達成のために協力することとなりました。

限りあるマグロ資源を持続的に利用できるよう、世界のマグロ生産者と最大の市場国日本の貿易・流通・消費者がともに手をとりあって、次の活動をしています。